El Tribunal Supremo avala la comprobación de saldos de IVA procedentes de períodos prescritos cuando se aplican en ejercicios no prescritos

Sentencia del Tribunal Supremo de 23 de julio de 2026 (rec. 5852/2023), de especial relevancia en materia de prescripción tributaria y facultades de comprobación de la Administración en el ámbito del IVA. La resolución aborda una cuestión especialmente controvertida tras la reforma de la Ley General Tributaria operada por la Ley 34/2015: si la Administración puede comprobar saldos de IVA generados en períodos prescritos cuando éstos se proyectan sobre ejercicios posteriores no prescritos.

1. Tribunal

• Tribunal Supremo. Sala de lo Contencioso-Administrativo. Sección Segunda.

2. Resolución 

• Sentencia de 23 de julio de 2026.
• Nº 988/2026.
• Recurso de casación nº 5852/2023.
• Procedimiento: Recurso de Casación Contencioso-Administrativo.
• Ponente: Rafael Toledano Cantero.
• Calificación: fijación de doctrina jurisprudencial.

3. Supuesto analizado 

• La Inspección regularizó diversos períodos de IVA de los ejercicios 2015 a 2018 de la entidad comprobada, revisando saldos de IVA pendientes de compensación que procedían de períodos anteriores.
• Durante las actuaciones inspectoras se reconoció la prescripción del derecho a liquidar determinados trimestres de 2015 por haberse superado el plazo máximo legal de duración de la inspección.
• La entidad sostenía que, una vez prescritos los períodos en los que se había generado el saldo a compensar, la Administración no podía revisar ni modificar su realidad o cuantía, pudiendo únicamente comprobar su correcto arrastre formal a ejercicios posteriores.
• La cuestión litigiosa consistía en determinar si, tras la reforma introducida por la Ley 34/2015, la Administración puede comprobar saldos de IVA generados en períodos prescritos para regularizar períodos posteriores no prescritos en los que dichos saldos se aplican.

4. Doctrina y criterio del Tribunal Supremo

4.1. La potestad de comprobación es autónoma respecto del derecho a liquidar 

• El Tribunal recuerda que la Ley 34/2015 reforzó la distinción entre el derecho a liquidar y las facultades de comprobación e investigación de la Administración.
• La prescripción del derecho a liquidar un ejercicio no implica, por sí sola, la pérdida de la facultad de comprobar hechos o créditos fiscales que siguen proyectando efectos en ejercicios posteriores no prescritos.

4.2. Los saldos de IVA son auténticos créditos fiscales 

• La Sala rechaza que la referencia del artículo 66 bis LGT a “bases o cuotas compensadas o pendientes de compensación” excluya los saldos de IVA.
• Desde una perspectiva funcional, los saldos derivados del exceso de cuotas soportadas sobre cuotas devengadas constituyen auténticos créditos fiscales cuya eficacia se proyecta sobre ejercicios futuros.

4.3. La comprobación de los saldos resulta necesaria para regularizar los ejercicios abiertos 

• Cuando el contribuyente aplica un saldo procedente de ejercicios anteriores en un período no prescrito, la Administración debe poder verificar la existencia y cuantía de dicho crédito para determinar correctamente la deuda tributaria del ejercicio regularizado.
• Obligar a la Administración a aceptar sin comprobación los saldos arrastrados vaciaría de contenido el régimen previsto en el artículo 66 bis LGT.

4.4. La reforma de 2015 tuvo precisamente por finalidad permitir estas comprobaciones 

• El Tribunal destaca que el Legislador introdujo el artículo 66 bis LGT para resolver las controversias existentes sobre la comprobación de créditos fiscales procedentes de ejercicios prescritos.
• La finalidad de la reforma fue evitar que el mero transcurso del tiempo convirtiera en intangibles créditos fiscales que continúan produciendo efectos en ejercicios abiertos a regularización.

4.5. La prescripción impide liquidar el ejercicio de origen, pero no comprobar el crédito fiscal 

• La Sala distingue entre la imposibilidad de regularizar directamente el ejercicio prescrito y la facultad de comprobar un crédito fiscal procedente de dicho ejercicio cuando se utiliza en otro no prescrito.
• La comprobación del saldo proyectado en ejercicios posteriores no supone una regularización indirecta del período prescrito, sino la correcta determinación de la deuda tributaria del período abierto a comprobación.

5. Doctrina fijada

A efectos de la aplicación de los artículos 66 bis y 115 LGT: 

• La Administración puede comprobar en el ámbito del IVA los saldos pendientes de compensación o excesos de cuotas soportadas deducibles sobre las cuotas devengadas generados en períodos respecto de los cuales haya prescrito el derecho a liquidar.
• Los saldos de IVA constituyen créditos fiscales comprendidos en el ámbito objetivo del artículo 66 bis LGT.
• Dicha comprobación es posible cuando esos créditos fiscales se aplican en períodos posteriores no prescritos y su verificación resulta necesaria para determinar correctamente la obligación tributaria correspondiente.

6. Consecuencias prácticas y comentarios 

• Refuerza significativamente las facultades inspectoras de la Administración respecto de créditos fiscales proyectados sobre ejercicios posteriores.
• Reduce notablemente la eficacia de las alegaciones basadas exclusivamente en la prescripción del período de origen del saldo de IVA.
• Consolida la interpretación amplia del artículo 66 bis LGT iniciada tras la reforma de 2015 y confirmada por la jurisprudencia más reciente del Tribunal Supremo.
• Obliga a conservar documentación acreditativa de la realidad y cuantía de los saldos de IVA compensados durante los plazos ampliados previstos para la comprobación de créditos fiscales.
• Resulta especialmente relevante en procedimientos inspectores donde existan saldos de IVA a compensar generados años atrás que continúan produciendo efectos en ejercicios abiertos a comprobación.

7. Conclusión

El Tribunal Supremo establece que la reforma introducida por la Ley 34/2015 permite a la Administración comprobar los saldos de IVA pendientes de compensación generados en ejercicios respecto de los cuales haya prescrito el derecho a liquidar, siempre que dichos saldos se apliquen en períodos posteriores no prescritos. La sentencia considera que esos saldos constituyen auténticos créditos fiscales sujetos al régimen del artículo 66 bis LGT y reafirma la autonomía de las facultades de comprobación frente al derecho a liquidar. La resolución consolida una interpretación expansiva de las potestades administrativas en materia de créditos fiscales y refuerza la capacidad de la Administración para verificar la realidad y cuantía de los saldos de IVA utilizados en ejercicios abiertos a regularización