L’efficacité et l’attractivité du crédit d’impôt recherche (CIR) sont régulièrement soulignées.
Synthèse des évolutions du dispositif en 2024.
1. Etat des lieux législatif en 2024
Dans un rapport daté de mars 2024, l’Inspection Générale des Finances (IGF) concluait qu’une réforme structurelle du CIR n’était pas recommandée. L’IGF suggérait toutefois (a) d’exclure les dépenses liées aux brevets, à la normalisation et à la veille technologique de l’assiette des dépenses éligibles au CIR, (b) de diminuer le forfait de dépenses de fonctionnement de 43 % à 40 % et (c) de supprimer le doublement de l’assiette pour le dispositif jeunes docteurs.
Ces propositions ont été reprises dans le PLF 2025 adopté par le Sénat. Il est vraisemblable qu’elles seront reprises dans le prochain PLF.
Ce projet de loi prévoyait en outre une prorogation de 3 ans (jusqu’au 31 décembre 2027) du crédit d’impôt collection et du crédit d’impôt innovation (dont le taux devait être abaissé de 30 % à 20 % à compter du 1er janvier 2025). Ces crédits d’impôt ont cessé de s’appliquer depuis le 31 décembre 2024. Il est à espérer que ces propositions seront elles-aussi reprises dans le prochain PLF.
2. Champ d’application du CIR
L’administration fiscale a précisé que les entreprises de transport maritime ayant opté pour le régime de la taxation au tonnage étaient exclues du champ d’application du CIR mais pouvaient en bénéficier au titre des dépenses de R&D qu’elles réalisent dans le cadre des activités non éligibles au régime de la taxation au tonnage mais imposées à l’IS dans les conditions de droit commun (rescrit du 04/12/2024 - BOI-RES-BIC-000154).
3. Précisions relatives à la base de calcul du CIR
Le Guide du CIR 2024, indicateur utile des positions prises par l’administration dans les contrôles, contient peu de changements par rapport à la précédente version. Pour l’essentiel, il apporte des précisions quant aux informations à joindre au dossier justificatif, au titre des dépenses de personnel et des opérations de R&D externalisées. Ces précisions illustrent à nouveau les exigences de documentation stricte attendues par l’administration.
3.1.1. Le Conseil d’Etat avait précisé (CE, 24/02/2021, n° 429222, Sté Nurun) que les salariés qui réalisent des opérations nécessaires aux travaux de recherche éligibles, sous la conduite d’un ou plusieurs chercheurs qui les supervisent, peuvent être qualifiés de techniciens de recherche, sans nécessité d'un diplôme ou d'une qualification professionnelle dans le domaine scientifique.
Sur ce fondement, la CAA de Paris (CAA Paris, 06/03/2024, n° 22PA03217) a reconnu la qualification de technicien de recherche à un salarié titulaire d’un BTS en informatique
industrielle, qui « avait fourni de nombreuses contributions dont certaines d’une complexité importante » ; et a refusé de reconnaître cette qualification à deux autres salariés respectivement titulaires d’une licence technologique et d’un brevet technologique au motif que ni leur CV, ni leur fiche de poste ne permettaient d’établir qu’ils avaient acquis des compétences permettant de les assimiler à des ingénieurs impliqués dans la recherche. On recommandera de documenter l’implication du salarié, au-delà de la dénomination de son poste.
3.1.2. Pour mémoire, les dépenses de personnels liées à des personnes titulaires d’un doctorat sont prises en compte, pour le calcul du CIR, pour le double de leur montant pendant les 24 premiers mois suivant leur premier recrutement en CDI. En cas d’embauche antérieure à l’obtention du doctorat, la doctrine (BOI-BIC-RICI-10-10-20-20 n° 220) admet que le 1er recrutement est réputé avoir eu lieu, sans conclusion d'un nouveau CDI, (i) à la date de signature d’un avenant au CDI initial reconnaissant la qualité de jeune docteur suite à l'obtention du doctorat ou (ii) à la date visée par une clause du CDI initial qui vise la reconnaissance de la qualité de jeune docteur suite à l'obtention du doctorat (la date ne pouvant être antérieure à l'obtention effective du doctorat).
Alors que l’administration refusait l’application de la majoration concernant 2 docteurs dont le recrutement était intervenu antérieurement à l’obtention de leur diplôme, le Conseil d’Etat a admis (CE, 31/05/2024, n° 476354, SAS Awalee Consulting) que la majoration était bien applicable, mais uniquement sur la période comprise entre la date d’obtention du diplôme et la fin de la période de 24 mois décomptée à partir de la date de recrutement.
Aussi, les entreprises gagneront à satisfaire aux conditions doctrinales (référence à l’obtention de la qualité de jeune docteur dans le CDI initial, ou signature d’un avenant), ou à prévoir le passage d’un CDD à un CDI au jour de l’obtention du titre de docteur, afin de bénéficier du doublement sur une période complète de 24 mois.
3.1.3. Par un rescrit du 23/10/2024 (BOI-RES-BIC-000155), l’administration a admis la prise en compte dans l’assiette du CIR et du CII des dépenses exposées dans le cadre d’un contrat de portage salarial, sous réserve que (i) le portage respecte les conditions prévues aux article L 1254-1 et suivants du Code du travail, que (ii) les salariés portés effectuent les opérations éligibles dans les locaux de l’entreprise cliente et avec ses moyens et que (iii) seules la rémunération et les charges sociales afférentes aux chercheurs et techniciens directement et exclusivement affectés aux opérations éligibles soient prises en compte (à l’exclusion des autres frais). Par ailleurs, les règles de détermination des dépenses des salariés portés à prendre en compte devront être identiques à celles applicables aux personnes directement employées par l’entreprise bénéficiaire.
3.2. Dépenses de sous-traitance
L’article 244 quater B, II du CGI énonce que pour être éligibles au CIR, les dépenses doivent être retenues pour la détermination du résultat imposable. La CAA de Versailles (30/12/2014, n° 14VE00810) en avait déduit que les règles applicables pour le calcul du CIR sont celles d'une comptabilité d'engagement et avait jugé qu'un sous-traitant devait déduire les sommes reçues pour le calcul de son propre CIR, même si l'intégralité des sommes facturées n'avait pas été payée par le donneur d'ordre. En contradiction avec ces dispositions et cette jurisprudence ancienne, la CAA de Toulouse (29/07/2024 n° 22TL21947, Sté Neomerys) juge qu’une société n'est pas fondée à prendre en compte dans l'assiette de son CIR les dépenses de sous-traitance confiées à des organismes agréés dès lors qu'elle ne justifie pas que ces dépenses ont été payées au titre de l'année considérée.
3.3. Subventions à déduire
La CAA de Lyon a jugé (21/09/2023, n° 21LY03203) qu’une subvention publique octroyée en 2011 pour financer des opérations ouvrant droit au CIR devait être intégralement déduite de la base de calcul du CIR, quand bien même certains coûts financés par cette subvention ne seraient pas éligibles au CIR. La Cour positionne ainsi l’analyse des subventions reçues au niveau global du projet subventionné, et non pas au niveau des opérations de recherche financées, au motif que la loi ne prévoirait « pas de corrélation entre la déduction des subventions publiques et la prise en compte dans l’assiette du CIR des dépenses qu’elles ont vocation à couvrir ».
Les contribuables pourront se prévaloir, en cas de rehaussement, de la doctrine (BOI-BIC-RICI-10-10-30-20 n° 10, MAJ du 04/04/2014) qui prévoit que les subventions publiques doivent être déduites de la base de calcul du CIR de l’année ou des années au cours de laquelle ou desquelles les dépenses éligibles que ces subventions ont vocation à couvrir sont exposées ; la doctrine n’étant cependant pas opposable en cas de demande de remboursement.
Dans un rescrit du 23/10/2024 (BOI-BIC-RES-000153), l’administration :
- a réaffirmé que « dans l’hypothèse où une entreprise recevrait une subvention afférente à un projet comportant des opérations ouvrant droit au crédit d’impôt et des opérations n’y ouvrant pas droit, seule la fraction de cette subvention afférente aux opérations ouvrant droit à crédit d’impôt devrait être déduite (…) déterminée au prorata du montant des opérations ouvrant droit au CIR » ;
- a précisé que « les aides à l’embauche accordées par les personnes morales de droit public qui ne sont pas conditionnées à l’affectation du personnel recruté à la réalisation d’opérations de recherche n’ont pas à être déduites de l’assiette du CIR, y compris dans l’hypothèse où le personnel embauché serait amené en pratique à participer à des opérations de recherche éligibles ». Il y aura donc lieu d’être attentif au point de savoir si la convention de financement conditionne ou non l’aide, à l‘emploi de la personne en R&D.
4. Précisions relatives à la procédure
4.1. Le Conseil d’Etat juge (CE, 09/10/2024, n° 490111, min. c/SARL Larcade) qu’un contribuable peut solliciter, dans le délai de réclamation soit jusqu’au 31/12 de la 2ème année suivant celle au cours de laquelle le crédit d’impôt est devenu remboursable faute d’avoir été imputé), la restitution de la créance de CICE qu’il n’a pas pu imputer ; et ce même s’il n’a pas souscrit aux obligations déclaratives propres à ce crédit d’impôt dans les délais prescrits. Des arguments substantiels laissent penser que cette solution est transposable au CIR. Aussi, les entreprises qui, en situation déficitaire, auraient omis de déclarer un CIR au titre de 2019, et se trouveraient ne pas avoir pu l’imputer entre 2019 et 2022, gagneront à déposer une demande de remboursement (accompagnée de la déclaration 2069-A-SD) jusqu’au 31/12/2025.
4.2. Le Conseil d’Etat a jugé (CE, 23/10/2024, n° 469432, min. c/ EURL Laguerre-Chimie) qu’un contribuable ne pouvait pas invoquer, au stade des recours hiérarchiques, l’éligibilité de certains de ses projets au CII à titre subsidiaire, après rejet de leur éligibilité au CIR. Les contribuables demeurent fondés selon nous dans une telle situation, à demander à l’administration de prendre position (« demande reconventionnelle ») au cours du contrôle ou dans leur réponse à une proposition de rectification, sur l’éligibilité au CII à titre subsidiaire de projets considérés originellement comme éligibles au CIR.
4.3. Relevons encore qu’une demande de remboursement de CIR ayant le caractère d'une réclamation contentieuse, la décision de rejet de cette réclamation par l’administration n'a pas le caractère d'une procédure de reprise. Par suite, le Conseil d’Etat (CE (na), 12/07/2024, n° 487863, Sté Sodico) a refusé d’admettre le pourvoi dirigé contre l’arrêt ayant jugé que le fait que le rejet ait été prononcé à une date à laquelle le délai accordé par l’administration au contribuable pour fournir des documents à l’appui de ses prétentions n’était pas expiré, était sans incidence sur le bien-fondé de la décision de rejet. Nous ne pouvons que recommander de documenter rigoureusement les demandes de remboursement en amont de leur envoi.
Article publié dans les Echos 7 janvier 2025
