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Crédit d'impôt recherche

Point sur le dispositif et ses derniers aménagements

04/03/2021

Le Crédit d’Impôt Recherche (« CIR ») offre un avantage précieux aux entreprises conduisant des opérations de recherche et développement. Première dépense fiscale du budget de l’Etat en 2020, il demeure très encadré et n’échappe pas à un nouveau tour de vis du législateur, justifié par une mise en conformité avec le droit de l’Union Européenne.

La tendance générale au durcissement des conditions d’accès au bénéfice du CIR observée ces dernières années se poursuit, mais avec une motivation nouvelle : celle d’une sécurisation du dispositif au regard du droit de l’Union Européenne. L’administration poursuit quant à elle son contrôle étroit du crédit d’impôt.

Un dispositif attractif dont l’importance est reconnue par le législateur :

En préalable à l’ajustement du CIR dans le cadre de la loi de finances pour 2021, le législateur a rappelé son attachement au dispositif, « facteur reconnu d’attractivité et de compétitivité » de la France. Il estime qu’un affaiblissement du CIR risquerait de le dégrader « avec des conséquences préjudiciables pour les entreprises et le pays ». Ce faisant, l’objectif affiché est nettement celui d’une préservation du dispositif.

Les dernières évolutions pouvaient en effet faire craindre une érosion progressive du bénéfice du CIR : depuis le 1er janvier 2020, le montant du forfait de dépenses de fonctionnement pris en compte dans l’assiette du CIR est réduit (abaissement de la prise en compte des dépenses de personnel de 50 % à 43 %) et la prise en compte de la sous-traitance en cascade d’opérations de recherche et développement est limitée (la sous-traitance doit être au maximum de second niveau). En outre, les deux sous-catégories du CIR que constituent le crédit d’impôt dit « collection » et le crédit d’impôt « innovation » (« CII ») ont été limitées dans le temps et doivent arriver à échéance au 31 décembre 2022.

Cet encadrement du recours par les entreprises au CIR, salué par le législateur, a permis une rationalisation du coût du crédit d’impôt pour les finances publiques et limité des opérations regardées comme trop favorables par le législateur, de sorte qu’il a participé à la sécurisation du dispositif.

C’est dans ce même objectif que le législateur a adopté de nouvelles mesures dans le cadre de la loi de finances pour 2021.

Une réduction de l’assiette du CIR pour sécuriser le dispositif au regard du droit de l’Union Européenne :

La principale mesure portant sur le CIR adoptée dans le cadre de la loi de finances pour 2021 est celle de la suppression, à compter du 1er janvier 2022, du doublement de la prise en compte des dépenses relatives à des opérations de recherche confiées à des organismes publics ou assimilés.

Pour mémoire, l’assiette de calcul du CIR est constituée d’un ensemble de dépenses éligibles, le crédit d’impôt étant ensuite égal à 30 % de ce montant lorsque ces dépenses n’excèdent pas 100 millions d’euros, et à 5 % au-delà. Les dépenses éligibles comprennent les dépenses engagées par l’entreprise pour les opérations de recherches menées par elle-même et les dépenses de sous-traitance pour les opérations de recherche confiées à des tiers.

Lorsque la sous-traitance d’opérations de recherche est confiée à un organisme public ou assimilé, la dépense correspondante est prise en compte pour le double de son montant dans l’assiette du CIR (sauf en cas de lien de dépendance entre l’entreprise et l’organisme sous-traitant). Ce doublement avait pour objectif d’inciter à la synergie entre la recherche publique et la recherche privée.

En pratique, le crédit d’impôt accordé au titre d’opérations de recherche sous-traitées à des organismes publics ou assimilés couvre donc jusqu’à 60 % de la dépense engagée.

Or, ce doublement d’assiette a fait l’objet d’une plainte présentée à la Commission européenne le 1er octobre 2019. Le dispositif est, en effet, susceptible de poser difficulté, d’une part au regard de la réglementation des aides d’Etat, et d’autre part au regard du droit de la concurrence compte tenu du doublement de l’assiette seulement en cas de sous-traitance auprès d’un organisme public et non lorsque la sous-traitance est confiée à un organisme privé, créant une distorsion entre ces derniers.

C’est ainsi que le législateur a souhaité sécuriser le dispositif du CIR au regard du droit de l’Union Européenne en supprimant, à compter du 1er janvier 2022, la double prise en compte des dépenses de sous-traitance auprès d’organismes publics ou assimilés.

Il est à noter que, comme ce fut le cas lors du précédent tour de vis donné au CIR dans le cadre de l’adoption de la loi de finances pour 2020, le législateur s’est à nouveau référé à un rapport de la Cour des comptes de 2013 sur l’évolution et les conditions de maîtrise du CIR, dans lequel la suppression du doublement d’assiette pour les dépenses de sous-traitance susvisées était préconisée pour des raisons notamment budgétaires.

In fine, la loi de finances pour 2021 prévoit plus que la fin du doublement des dépenses de sous-traitance publique pour le calcul de l’assiette du CIR : elle aligne le traitement des dépenses de sous-traitance publique sur celui des dépenses de sous-traitance privée. Ce faisant, la prise en compte de ces dépenses est subordonnée à l’obtention par l’organisme d’un agrément, et est limitée par deux plafonds. D’une part, les dépenses de sous-traitance pour des opérations confiées à des organismes publics ou privés sont prises en compte dans la limite de trois fois le montant total des autres dépenses ouvrant droit au CIR, et d’autre part, leur montant ne saurait excéder globalement 10 millions d’euros (fin de la majoration de 2 millions d’euros pour les opérations de recherche confiées à des organismes publics).

Des limitations aux majorations appliquées pour les dépenses éligibles exposées en Corse :

Deux autres mesures ont été adoptées dans le cadre de la loi de finances pour 2021 dans un objectif de mise en conformité du régime avec la réglementation européenne des aides d’Etat.

Un taux majoré du CIR à 50 % pour les dépenses éligibles exposées en Corse avait été adopté dans le cadre de la loi de finances pour 2019. Faute d’accord de la Commission européenne, il n’est jamais entré en vigueur. Il est désormais supprimé.

En revanche, les dépenses éligibles au CII exposées en Corse bénéficient depuis le 1er janvier 2020 d’un taux majoré à 35 % ou 40 % selon la taille de l’entreprise (au lieu de 20 %), ce que le législateur estime compatible avec le droit de l’Union Européenne.

Un contrôle toujours étroit du CIR par l’administration :

En ce début d’année, un décret a également été adopté pour améliorer le circuit d’échanges d’informations notamment entre les services des différents ministères impliqués dans le contrôle du CIR (décret n° 2021-2 du 4 janvier 2021).

Désormais, les agents du ministère de la recherche chargés du contrôle du CIR peuvent transmettre à la direction générale des finances publiques les renseignements et copies de documents recueillis dans le cadre du contrôle et sur lesquels ils se sont fondés pour émettre leur avis.

Ces nouveaux échanges devraient ainsi donner aux services vérificateurs de nouvelles armes dans le cadre des contrôles.

Enfin, comme chaque année, le Ministère en charge de la recherche a publié en décembre 2020 son Guide du CIR. Ce Guide, dont la mise à jour a fait suite à une consultation publique menée en mai 2020, est désormais décliné en trois versions : un guide intégral, un Focus Contrôle et un Focus Agrément. On y retrouve notamment un modèle de dossier justificatif détaillé dont l’administration attend l’usage par les entreprises revendiquant un CIR.

Les modifications introduites dans cette mise à jour sont peu nombreuses et tendent essentiellement à compléter certaines notions.

Finalement, ce sont plutôt les absences de modifications qui interrogent : deux décisions du Conseil d’Etat intervenues en 2020 auraient, en effet, dû conduire l’administration à nuancer son propos dans le Guide du CIR, ce qu’elle n’a pas fait.

Le Conseil d’Etat a tout d’abord jugé le 22 juillet 2020 dans son arrêt FNAMS (n° 428127) que des dépenses de sous-traitance étaient éligibles au CIR quand bien même les opérations sous-traitées ne constitueraient pas en elles-mêmes des opérations de recherche, dès lors qu’elles sont nécessaires à la réalisation d’opérations de recherche menées par l’entreprise donneuse d’ordre. Le Guide présente toujours la position inverse de l’administration.

Un autre arrêt du Conseil d’Etat du 9 septembre 2020, Société Takima (n° 440523), a annulé des commentaires administratifs au BOFiP auxquels se réfère toujours le Guide du CIR 2020 concernant la méthodologie d’exclusion des dépenses de recherche engagées par un sous-traitant pour éviter une double prise en compte de celles-ci, au niveau du donneur d’ordre et au niveau du sous-traitant.

Espérons une mise à jour prochaine du Guide sur ces sujets désormais tranchés par la jurisprudence !

Article paru dans Option Finance le 22/02/2021


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