Bercy a réalisé 500 millions d’euros d’économies sur le crédit d’impôt recherche, qui apparaissent mal calibrées et mal adaptées. Elles pourront entraver le développement notamment de PME innovantes. Celles-ci subissent aussi une restriction du crédit d’impôt innovation qui leur est réservé.
L’improvisation fiscale peut avoir de lourdes conséquences. Pressé de trouver des économies tous azimuts, lors du vote de la loi de finances pour 2025, le gouvernement a décidé de réduire le montant du crédit d’impôt recherche (CIR) de quelque 500 millions d’euros. Cette coupe peut paraître modérée, puisqu’elle représente seulement 7 % du coût global de cette niche fiscale (7,5 milliards d’euros), essentielle pour le secteur de l’innovation… sauf que, de l’avis des fiscalistes et experts en innovation, le plan d’économies sur le CIR a été très mal ficelé. Bercy a préparé rapidement ces coupes, sans concertation avec les intéressés, et elles n’ont guère donné lieu à débat au Parlement. Résultat : elles apparaissent toutes dommageables pour le secteur de l’innovation.
La mesure la plus « rentable », du point de vue de Bercy, est l’arrêt de la prise en compte des frais de brevets, qui sont donc exclus de l’assiette du CIR. Cela représentera 200 millions d’euros d’économies en année pleine. Cette économie pèsera notamment sur les comptes des PME innovantes. « La fin de l’éligibilité des frais de dépôts de brevets impactera fortement les PME, souligne Matthieu Bacquin, cofondateur de Self & Innov, cabinet de conseil spécialisé dans les aides à l’innovation. Le dépôt d’un brevet peut en effet engendrer des coûts évalués entre 5 000 et 8 000 euros hors taxes, puis plus de 20 000 euros pour étendre la protection du brevet à l’international. » Cette mesure est d’autant moins compréhensible qu’il n’existe pas d’effet d’aubaine. « Il s’agit d’une dépense bien réelle au profit de l’innovation, relève Matthieu Bacquin. La mesure est en contradiction avec le plan deeptech, qui vise à soutenir la recherche et l’innovation en matière technologique. »
En outre, cette décision apparaît prise au détriment des entreprises françaises par rapport aux groupes internationaux, qui bénéficient aussi du CIR dès lors qu’ils disposent de centres de recherche en France. « La sortie des dépenses de brevets de l’assiette du CIR va impacter plus fortement les entreprises françaises que les étrangères : si les premières déposent généralement leurs brevets en France, ce n’est pas le cas des groupes internationaux, qui bénéficient pourtant, eux aussi, du CIR dès lors qu’ils disposent d’un centre de recherche dans l’Hexagone », relève Lucille Chabanel, avocate associée chez Deloitte. En l’absence de dépôts de brevets de la part de ces groupes internationaux, cette mesure gouvernementale ne les touchera pas. En conséquence, la baisse de l’aide au titre du CIR sera plus forte pour les entreprises françaises que pour les entreprises étrangères.
Elle sera encore plus prononcée pour les entreprises de taille moyenne déposant beaucoup de brevets, à l’instar de celles de la healthtech. « Pour un groupe étranger ayant des chercheurs en France, la baisse du CIR cette année sera de l’ordre de 3 à 4 %, mais ce sera plutôt 6 à 9 % pour les entreprises françaises, voire 10 % dans des secteurs comme la healthtech, en raison de la mesure concernant les brevets , estime Lucille Chabanel. .Les dépenses de brevets sont assez faibles dans l’informatique ou le digital, mais très importantes dans la biotech ou healthtech, où s’agit le plus souvent de PME. »
«Pour un groupe étranger ayant des chercheurs en France, la baisse du CIR cette année sera de l’ordre de 3 à 4 %, mais ce sera plutôt 6 à 9 % pour les entreprises françaises, voire 10 % dans des secteurs comme la healthtech, en raison de la mesure concernant les brevets.»
Lucille Chabanelavocate associéé , Deloitte société d’avocats
Une aide aux « jeunes docteurs » supprimée
Deux autres mesures, représentant chacune 100 millions d’euros d’économies, visent les rémunérations des chercheurs. D’une part, les frais pris en compte au-delà du seul salaire sont réduits. Bercy admettait une enveloppe pour frais (administration, coût des locaux…) correspondant à 43 % du salaire. Ce pourcentage est ramené à 40 %, avec 100 millions d’euros d’économies à la clé. D’autre part, et c’est l’économie la plus contestée publiquement, le gouvernement a purement et simplement supprimé le régime des « jeunes docteurs », ce qui permet à Bercy une autre économie de près de 100 millions d’euros. Ce régime permettait aux entreprises d’embaucher à coût nul pendant deux ans des chercheurs universitaires venant de décrocher leur doctorat. L’objectif de cette passerelle entre le monde académique de la recherche fondamentale et l’entreprise était de renforcer les liens entre ces deux univers. Un système plébiscité, d’où une large incompréhension dans les entreprises innovantes à l’annonce de sa suppression. A tel point que le député Ensemble pour la République Paul Midy, spécialiste de l’innovation, a déposé une proposition de loi destinée à rétablir ce dispositif.
La suppression du régime « jeunes docteurs » n’a pas été décidée seulement pour les contrats conclus à l’avenir avec des chercheurs, mais aussi pour les contrats en cours, puisque le couperet est tombé dès la publication de la loi de finances, le 15 février, mettant immédiatement fin aux aides. « La suppression du régime “jeunes docteurs” en cours de contrat va alourdir les coûts de façon imprévue et potentiellement problématique pour des PME », souligne Lucille Chabanel. Cette décision « va engendrer plusieurs milliers de licenciements, notamment dans les PME, ajoute Matthieu Bacquin. N’était-il pas possible de moduler cette aide, plutôt que la supprimer entièrement ? »
Autre mesure touchant particulièrement les PME, la fin de l’éligibilité au titre du CIR des dépenses réalisées pour assurer la veille technologique. « La suppression de la veille, qui n’est plus éligible au CIR, touchera surtout les PME, puisque l’enveloppe était plafonnée à 60 000 euros : cela n’a guère d’effet, s’agissant des grandes entreprises », souligne Lucille Chabanel. Cette décision permet à Bercy de parvenir à son enveloppe de 500 millions d’euros d’économies sur le CIR.
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D’autres économies possibles
Chaque mesure de ce plan de restriction budgétaire est donc contestée, notamment s’agissant de leur effet sur les PME. D’autres économies étaient-elles envisageables, s’il fallait à tout prix baisser le coût du CIR pour l’Etat ? « Des économies peuvent être réalisées sur le CIR, estime Matthieu Bacquin. Il serait préférable de le plafonner. Les grandes entreprises ont-elles vraiment besoin d’une aide au-delà de 30 millions d’euros ? » En outre, cette aide pourrait être modulée. « On pourrait également prévoir un CIR plus important dans certains domaines prioritaires, comme la recherche médicale ou des projets à impact en matière de santé, suggère Matthieu Bacquin. Et, au contraire, limiter le dispositif pour les activités polluantes. En modulant ainsi le CIR, il serait possible de réaliser près de 1,5 milliard d’euros d’économies. »
Plus généralement, une optimisation du CIR passerait par une réflexion approfondie sur les objectifs de cette aide « Une meilleure définition des objectifs assignés au CIR permettrait d’améliorer l’efficience du dispositif, estime Christophe Leclere, avocat associé chez CMS Francis Lefebvre. Ainsi, il pourrait être opportun de s’interroger à nouveau sur la nécessité ou non de privilégier certains secteurs, ou sur le traitement réservé aux ETI, qui pourrait être différencié. Une difficulté tient à l’absence de continuité gouvernementale, qui rend difficile la mise en perspective. »
Un crédit d’impôt innovation raboté
Au-delà du crédit d’impôt recherche, d’autres aides ont été revues à la baisse, comme le crédit d’impôt innovation (CII), réservé aux PME. « Le crédit d’impôt innovation va passer de 30 à 20 %, relève Matthieu Bacquin. Cela va impacter fortement quelque 10 000 PME qui bénéficient de ce dispositif, désormais plafonné à 80 000 euros, contre 120 000 euros précédemment. » En outre, les entreprises sont confrontées à une grande complexité administrative, qui impactera les PME au premier chef. « Les entreprises doivent gérer deux normes de CIR et CII pour 2025 : il y a en effet le régime antérieur à la publication de la loi de finances au Journal officiel, le 14 février 2025, et le régime postérieur, différent, note Frédéric Piegay, expert fiscalité de l’innovation chez Ayming. Cela peut être très lourd à gérer pour les PME. »
Pour autant, la fiscalité a-t-elle cessé de soutenir l’innovation ? « La fiscalité de l’innovation demeure attractive dans la conjoncture que nous traversons, répond Christophe Leclere. Ainsi, le crédit d’impôt innovation (CII) et le crédit d’impôt collection (CIC, pour le secteur de la mode), dont on craignait qu’ils ne disparaissent, ont été prorogés jusqu’au 31 décembre 2027, avec il est vrai un abaissement du taux du CII de 30 % à 20 %. »
D’autres dispositifs puissants sont conservés. « Le dispositif de l’IP BOX, mis en place par la loi de finances pour 2019, qui permet aux entreprises de bénéficier d’un taux d'imposition de 10 % sur les revenus de cession, de concession et de sous-concession de licences d’exploitation d’actifs tels que les brevets ou les logiciels (sous certaines conditions), demeure sans avoir été remis en cause, souligne Christophe Leclere. Et la qualification de jeune entreprise innovante continue de donner accès à d’importantes exonérations sociales, malgré le relèvement du seuil d’effort (le minimum des dépenses de R&D est passé de 15 à 20% des charges globales) que doit consacrer une entreprise à la R&D pour bénéficier de cette qualification. »
L’instabilité fiscale est peut-être la plus dommageable pour les entreprises, notamment s’agissant du crédit d’impôt recherche. « L’important est de stabiliser le dispositif du CIR, car de nombreux chercheurs l’intègrent dans leur business plan à cinq ans ou plus, relève Lucille Chabanel. S’il est constamment changé, les entreprises innovantes auront beaucoup plus de mal à trouver des financements à moyen terme, les investisseurs ne voulant pas intégrer dans leurs calculs un avantage fiscal incertain. »
L’instabilité fiscale est d’autant plus mal venue que le soutien à l’innovation apparaît comme une priorité aujourd’hui incontestable. « L’écosystème entourant l’innovation reste globalement généreux… mais il faut bien voir qu’il est la condition de la réindustrialisation, comme le souligne le rapport Draghi, affirme Lucille Chabanel. On ne réindustrialisera pas la France sans innovation et donc sans recherche : seule une industrie complexe, basée sur la R&D, apparaît viable. »
La logique d’économies budgétaires ne peut ignorer cette réalité…
Bercy accentue les contrôles
S’agissant du CIR, le nombre de contrôles fiscaux des entreprises ne fait que croître constamment depuis deux ans. « Le niveau d’exigence global, de la part de l’administration, est toujours plus élevé », souligne Frédéric Piegay, expert fiscalité de l’innovation chez Ayming. Mais l’administration connaissant de mieux en mieux le sujet, le dialogue peut être constructif. « Lors des contrôles, le dialogue entre les entreprises et le ministère de l’Enseignement supérieur et de la recherche (MESR), qui travaille surtout sur l’éligibilité, ainsi qu’avec Bercy, a beaucoup progressé en qualité, estime Christophe Leclere, avocat associé chez CMS Francis Lefebvre. Pour autant, le MESR pourrait être encore plus systématiquement impliqué dans la question de l’éligibilité au CIR que ce n'est le cas actuellement. »
De fait, face à cette croissance du nombre de contrôles lancés par Bercy, « le ministère de l’Enseignement supérieur et de la recherche, qui est le plus apte à juger sur le fond de l’éligibilité des dépenses au titre du CIR, se trouve débordé, par manque de moyens humains, relève Frédéric Piegay. En conséquence, de plus en plus de contrôles sont menés par la seule administration fiscale, qui a moins de capacité d’analyse sur le fond, et s’attache donc plus à des points de détail. Les demandes de pièces justificatives se multiplient… »
Article paru dans Option finance le 9 mai 2025
