Jusqu’à présent, à défaut de disposition relative à l’ordre d’imputation des déficits reportés en avant, l’administration était en mesure de vérifier le montant des déficits constatés lors d’exercices prescrits même très anciens. Toutefois, le Conseil d’Etat vient limiter le droit de reprise de l’administration en jugeant que les déficits anciens s’imputent par priorité.
Règles applicables en matière d’imputation des déficits
Pour mémoire, le déficit subi au cours d’un exercice est considéré comme une charge de l’exercice suivant et déduit du bénéfice au titre de cet exercice. L’excédent du déficit est reporté sur les exercices suivants, sans limitation de durée depuis 2004 (Art. 209, I du CGI).
De plus, l’article 2 de la loi de finance rectificative pour 2011 a créé une règle de plafonnement des déficits dont il résulte que, pour les exercices clos depuis le 21 septembre 2011, le montant du stock de déficits imputable au titre d’un exercice est limité à un montant de 1.000.000 euros majoré de 50 % du montant correspondant au bénéfice imposable dudit exercice excédant ce premier montant.
La combinaison de ces dispositions permet à l’administration de vérifier l’existence et le montant des déficits d’exercices précédents même prescrits, dès lors que l’entreprise a imputé ces déficits sur les bénéfices imposables d’un exercice non prescrit (CE, plen. 4 novembre 1970, n° 75564). Autrement dit, l’administration fiscale peut remettre en cause les résultats d’exercices déficitaires prescrits et ainsi tirer les conséquences de ces corrections en rectifiant le résultat d’exercices non prescrits sur lesquels les reports déficitaires ont été imputés.
Circonstances de la décision Faun Environnement
Dans l’affaire Faun Environnement, suivie par nos soins (Conseil d’Etat, 14 novembre 2025, n° 493824, sté Faun Environnement), la configuration était la suivante : une société avait constaté des résultats déficitaires au titre des exercices 2007 à 2009, qui avaient été imputés sur les exercices bénéficiaires suivants, avec, pour les exercices clos postérieurement au 21 septembre 2011, application de la règle du plafonnement des déficits précitée.
A la suite du contrôle fiscal de l’exercice 2013, premier exercice non prescrit, l’administration avait remis en cause le montant du déficit imputé sur le bénéfice de cet exercice en contestant la réalité des déficits constatés au titre des exercices 2007 et 2008 à raison de certaines charges déduites au cours de ces exercices.
La société ne contestait pas que ces charges avaient été déduites à tort mais elle faisait valoir que les déficits constatés en 2007 et 2008 avaient été imputés sur les exercices bénéficiaires prescrits antérieurs à 2013, de sorte que l’administration n’était plus en mesure d’exercer son droit de reprise.
L’enjeu du « millésimage » des déficits
Avant la réforme issue de l’article 89 de la loi de finances pour 2004 qui a supprimé la limitation dans le temps du report en avant des déficits, la doctrine de l’administration précisait que les
déficits les plus anciens étaient imputables par priorité, ce qui permettait aux contribuables d’éviter la péremption de ces déficits.
Cette règle doctrinale a disparu avec la réforme de 2003 et la question de l’existence d’un ordre d’imputation des déficits n’avait depuis lors jamais été tranchée par le Conseil d’Etat.
Dans l’affaire Faun Environnement, l’argumentation de la société – reposant sur la possibilité pour les contribuables de millésimer les déficits – avait été écartée par la cour administrative d’appel de Paris qui avait confirmé le jugement par lequel le tribunal administratif de Montreuil avait jugé, conformément à la thèse défendue par l’administration, que « lorsque le montant des déficits subis sur plusieurs exercices, même prescrits, est imputé sur les bénéfices réalisés pendant l’exercice suivant, même prescrit, et que, faute pour ces bénéfices d’avoir permis de l’absorber totalement, le reliquat est imputé sur les bénéfices réalisés pendant l’exercice suivant, l’administration est en droit, au titre de ce dernier et s’il n’est pas prescrit, non seulement de vérifier l’existence et le montant du déficit imputé, mais aussi de rectifier les résultats de cet exercice en remettant en cause cette imputation ».
Le tribunal comme la cour avaient refusé la possibilité au contribuable de millésimer les déficits reportés en avant et d’imputer prioritairement les plus anciens en estimant que les déficits subis sur plusieurs exercices doivent être « indistinctement cumulés pour leur imputation sur les bénéfices réalisés ultérieurement » et « ne peuvent être isolés selon l’exercice au cours duquel ils sont nés ».
Autrement dit, selon cette solution, le stock de déficits reportables est considéré comme résultant indistinctement de l’ensemble des déficits constatés lors des exercices précédents, constituant une « masse fongible » de déficits. Ainsi, le contribuable ne pouvait prétendre les avoir imputés dans un certain ordre de sorte que certains d’entre eux ne pourraient plus être vérifiés car intégralement consommés à la clôture d’un exercice prescrit.
Le Conseil d’Etat valide la règle PEPS
La solution retenue par les juges du fond est censurée par le Conseil d’Etat qui juge au contraire que les déficits reportés en avant doivent bien être millésimés et imputés sur les résultats bénéficiaires par ordre chronologique, « en commençant par le déficit ou le reliquat de déficit le plus ancien, dès que les résultats de l'un de ces exercices font apparaître un bénéfice et, sous réserve de la limite introduite pour les exercices clos à compter du 21 septembre 2011, à concurrence de l'intégralité de ce bénéfice ».
Le Conseil d’Etat a suivi son rapporteur public dont les conclusions sur cette décision proposaient de dégager un ordre d’imputation des déficits en commençant par le plus ancien. Selon le rapporteur public Bastien Lignereux, la définition d’un ordre d’imputation des déficits s’impose avant tout pour limiter le risque d’imprescriptibilité résultant de la faculté dont dispose l’administration de contrôler les déficits prescrits en remettant en cause tout déficit antérieur qu’elle que soit son ancienneté.
Ecartant la possibilité de retenir un ordre imputation des déficits par application d’un prorata, le rapporteur public avait ainsi recommandé un « millésimage » des déficits selon la règle PEPS (premier entré, premier sorti), bien connue des entreprises et le Conseil d’Etat a entièrement suivi cette recommandation.
Quel est l’effet de cette décision en pratique ?
Si l’administration est en droit d’exercer son pouvoir de contrôle et de rectification sur l'existence et le montant des déficits en report, issus d'exercices antérieurs, même prescrits, qu’une entreprise a imputés sur les bénéfices de l'exercice vérifié, en revanche, lorsqu'un déficit issu d'un exercice antérieur est réputé avoir été entièrement imputé sur les résultats bénéficiaires d'exercices prescrits, l'administration fiscale n'est plus en droit d'exercer son pouvoir de contrôle et de rectification sur l'existence et le montant de ce déficit.
Ce n’est que lorsqu'un tel déficit a été pour partie seulement imputé sur les résultats bénéficiaires d'exercices prescrits que l'administration reste en droit d'exercer son pouvoir de contrôle et de rectification et peut alors en tirer les conséquences, dans la limite du reliquat de ce déficit non imputé sur les résultats bénéficiaires d'exercices prescrits.
Dans ses conclusions, le rapporteur public évoque certaines questions pratiques qui pourraient être soulevées du fait de l’application de la règle PEPS en matière de report en avant des déficits. Il mentionne notamment le cas de l’absorption de sociétés déficitaires. Dans cette hypothèse, la société absorbante devrait, selon lui, reprendre les déficits de l’absorbée en les réputant réalisés au titre de l’exercice de l’absorption. Cette question n’est toutefois pas tranchée dans le cadre du litige.
Il envisage également l’hypothèse de la remise en cause partielle d’un déficit qui n’est que partiellement imputé sur un bénéfice prescrit. La difficulté étant dans cette situation de déterminer si la part de déficit remise en cause doit être considérée comme ayant été imputée en période prescrite ou en période non prescrite. Selon le rapporteur public, lorsque « le déficit d’un exercice n’a été qu’en partie imputé en période prescrite, laissant subsister un reliquat à imputer en période non-prescrite, ce reliquat pourra être réintégré dans les résultats imposables de l’entreprise à concurrence du montant du déficit prescrit remis en cause ». Prenons l’exemple d’une société ayant subi un déficit de 100, celui-ci étant imputé à hauteur de 80 en période prescrite, de sorte qu’un reliquat de 20 est imputé en période non prescrite. Si l’administration rectifie le déficit et le ramène à 70, la correction est considérée comme affectant prioritairement le déficit imputé en période non prescrite. Ainsi, l’administration pourra procéder à une réintégration dans le résultat imposable de l’entreprise quand bien même le déficit concerné a été partiellement imputé en période prescrite. Toutefois, la réintégration est limitée au montant du reliquat imputé en période non prescrite, soit 20.
Il faudra donc attendre de futures décisions pour identifier l’ensemble des prolongements de la solution inédite consacrée par cette décision.
Article paru dans Option finance le 25 novembre 2025
