Crédit d’impôt recherche (CIR) : Panorama des évolutions intervenues en 2025

L’efficacité et l’attractivité du crédit d’impôt recherche (CIR) sont régulièrement soulignées. Comme les années précédentes, ce panorama propose une lecture synthétique et opérationnelle des évolutions de l’année, à destination des directions fiscales, financières et R&D.

1. Un cadre législatif resserré par la loi de Finances pour 2025

1.1. Traduisant les recommandations de recentrage formulées par l’inspection générale des finances, la loi de finances pour 2025 a consacré, depuis le 15 février 2025, plusieurs restrictions d’assiette :

• une baisse du forfait de fonctionnement, dont le taux, calculé sur les dépenses de personnel, est passé de 43 % à 40 % ;
• la suppression du dispositif « Jeunes Docteurs », qui permettait de doubler l’assiette des dépenses pour le recrutement de jeunes docteurs pendant 24 mois ;
• l’exclusion des frais de prise, de maintenance et de défense des brevets, des dotations aux amortissements de ces brevets, ainsi que des dépenses de veille technologique, de l’assiette du CIR ;
• un élargissement de la notion de « subvention publique » venant en déduction des bases de calcul du CIR, aux aides versées par les personnes morales de droit public, mais aussi par les personnes morales de droit privé chargées d’une mission de service public.

Ces modifications ont été entérinées dans une mise à jour de la base BOFIP datée du 27 août 2025.

L’entrée en vigueur différenciée de ces mesures impose de ventiler finement les dépenses en fonction de leur date d’engagement.

1.2. Parallèlement, le Crédit d’Impôt Innovation (CII) et le Crédit d’Impôt Collection ont vu leur existence prorogée jusqu’au 31 décembre 2027.

Le taux du CII a toutefois été abaissé de 30% à 20% pour les dépenses engagées depuis le 1er janvier 2025.

2. Plusieurs apports jurisprudentiels

2.1. Précisions concernant les dépenses à prendre en compte

2.1.1. Dans un arrêt du 22 juillet 2025, la cour administrative d’appel (CAA) de Versailles (n° 24VE01574, SAS TAP Holding) a « durci le ton » sur l’éligibilité au CIR des rémunérations des personnels dépourvus de formation scientifique (profils marketing ou commerciaux).

Pour être qualifiés de « techniciens de recherche », ces collaborateurs doivent fournir un appui technique direct (i.e. en étroite collaboration avec les chercheurs) et indispensable aux opérations de recherche.

2.1.2. Dans un arrêt du 19 juin 2025, la CAA de Douai (n° 24DA01095, Sté Green Big) a distingué les dotations aux amortissements des immobilisations ayant servi à concevoir un prototype, éligibles au CIR, et celles afférentes au prototype une fois achevé (lui-même utilisé pour mener des essais), inéligibles au motif qu’elles ne concernaient pas une immobilisation affectée directement à la réalisation d’opérations de recherche.

Cette solution inédite, par laquelle la Cour entend exclure la valeur d’usage du résultat de la recherche, des dépenses de recherche éligibles, méritera d’être confirmée (voir à ce sujet l’article de Jean-René Bénichou, Option finance du 8 janvier 2026).

2.2. Précisions concernant les bénéficiaires

2.2.1. Dans un arrêt du 25 janvier 2025, la CAA de Paris (n° 23PA02531, Sté Assystem) a jugé qu’un organisme de recherche privé agréé qui réalisait une prestation globale d’ingénierie avec obligation de résultat, est fondé à inclure dans l’assiette de son CIR les dépenses liées aux opérations de recherche exposées pour son propre compte à l’occasion de l’exécution de cette prestation.

La Cour a relevé, au soutien de sa décision, que les opérations de recherche dont il s’agit n’avaient pas été refacturées aux clients et il ressortait des stipulations des contrats-cadres relatifs aux contrats de sous-traitance conclus avec les donneurs d’ordre que le transfert à ces derniers de la propriété intellectuelle des prestations fournies par l’organisme agréé ne portait que sur l’objet même de la commande passée et non sur le résultat des travaux de R&D.

Cette décision devrait être utile aux sociétés d’ingénierie qui innovent pour livrer des solutions clefs en main, autorisées à distinguer leur prestation de la simple mise à disposition de moyens de R&D.

2.2.2. Pour mémoire, une entreprise qui confie l’intégralité de son activité de fabrication à des sous-traitants ne peut être regardée comme exerçant une activité industrielle. Dans une affaire jugée par la CAA de Lyon, une société requérante créait des modèles et concevait des prototypes de chaussons d’escalade. Elle ne disposait pas d’installations spécifiques et mettait à la disposition de son sous-traitant un parc de machines inscrit à son actif. La Cour (5 juin 2025, n° 23LY03725, Sté 9A Climbing) a jugé cette société fondée à se prévaloir de la doctrine administrative antérieure au 13 février 2019 alors applicable, selon laquelle le bénéfice du CIR Collection « ne peut pas être refusé aux entreprises ayant recours à la sous-traitance dès lors qu’elles sont propriétaires de la matière première et qu’elles assurent tous les risques de la fabrication et de la commercialisation ». Par suite, ses dépenses liées à l’élaboration de nouvelles collections ont été considérées comme éligibles au CIR. Cette solution, qui ne présente plus qu’un intérêt contentieux, méritera d’être confirmée.

2.3. Précisions concernant les délais et la qualité pour agir

2.3.1. La demande de remboursement du CIR est une réclamation préalable dont le délai court à partir de la naissance du droit au remboursement. Dans un arrêt du 5 juin 2025, la CAA de Toulouse (n° 23TL02231, Institut Coopératif du Vin) a jugé que le droit de demander le remboursement immédiat dont bénéficient les PME constituait une simple faculté, et qu’elles pouvaient choisir d’imputer cette créance sur l’impôt dû et solliciter, le cas échéant, le remboursement du solde à l’expiration de la période d’imputation quadriennale. Dans cette hypothèse, elles disposent d’un délai de réclamation expirant le 31 décembre de la deuxième année suivant l’expiration de la période d’imputation (31/12/N+6).

Dans l’attente d’une confirmation de cette solution, les entreprises concernées gagneront à déposer leurs demandes de remboursement dès la naissance du droit au remboursement, afin d’éviter tout risque de forclusion.

Plaidons à cette occasion pour que l’administration reste attentive à la situation des PME (pour lesquelles le remboursement immédiat du CIR est très souvent un enjeu crucial en matière de trésorerie) et ne retarde pas à outrance le remboursement de créances détenues par ces dernières.

2.3.2. Le Conseil d’Etat avait jugé (CE, 22 juillet 2022, Monte Paschi Banque, n° 451251), en matière de créance de TVA, qu’un établissement de crédit cessionnaire pouvait se prévaloir de la réclamation présentée par le cédant à l’administration fiscale ; cette solution paraissant transposable aux autres créances sur le Trésor.

Dans la situation inverse où la réclamation préalable a été portée par la banque cessionnaire et le recours, par la société cédante, le Conseil d’Etat juge le recours admissible (CE, 15 janvier 2025, n° 489721, Sté Ragt Semences). La société cédante conserve en effet un intérêt à agir pour contester un refus de l’administration, dès lors qu’elle demeurait garant solidaire de l’existence de cette créance. Cette solution devrait là aussi pouvoir être étendue aux autres créances fiscales susceptibles de faire l’objet de cessions Dailly.

3. Nouveaux modèles de rescrits CIR : focus sur deux enjeux clefs

Le Ministère de la Recherche a publié début 2025 une mise à jour des modèles de demandes de rescrits CIR (simple et « roulant ») et (ii) une notice explicative.

A cette occasion, le Ministère met l’accent sur l’attention particulière à apporter à (i) l’analyse critique de l’état de l’art relatif aux verrous à lever, et à (ii) la description de la contribution de chaque personnel à l’acquisition de nouvelles connaissances scientifiques ou techniques, ainsi que des temps passés en R&D.

4. Guide du CIR 2025 : un nouveau renforcement des standards de documentation

La publication, le 30 octobre 2025, du Guide CIR 2025 par le ministère de l’Enseignement supérieur et de la Recherche (MESR) traduit un nouveau renforcement des standards de documentation, plus particulièrement sur deux points.

4.1. L’énoncé de 4 critères cumulatifs permettant de qualifier une activité « d’indispensable » à une activité de R&D

Le Conseil d’Etat a admis (CE, 22 juillet 2020, n° 428127, FNAMS) la prise en compte par le donneur d’ordre, dans la base de calcul de son CIR, des dépenses de sous-traitance n’ayant pas le caractère de R&D mais indispensables à la réalisation d’une opération de R&D menée en interne.

Le Ministère énonce 4 critères cumulatifs permettant de qualifier une activité d’activité « indispensable » à une activité de R&D. Ces tâches devront (i) être directement liées aux activités de R&D, (ii) avoir un objet en lien direct avec l’objet de la recherche menée, (iii) être

réalisées par du personnel techniquement qualifié (et (iv) produire un résultat inédit. Le MESR fournit en outre 5 exemples d’application de ces critères.

Cette orientation traduit une plus grande sécurité juridique, mais aussi une plus grande exigence dans l’administration de la charge de la preuve. Aussi, la documentation justificative gagnera à documenter précisément chacun de ces critères.

4.2. Une réécriture complète de la définition des activités éligibles dans le domaine de l’informatique

Le Ministère insiste tout d’abord sur la distinction entre « nouveauté logicielle » et « R&D » : « le seul développement d’un logiciel ou d’une application ou d’une nouvelle fonctionnalité dans un logiciel existant, sans démarche explicite de recherche, n’est pas éligible au CIR ».

Le Ministère procède ensuite à une reformulation des contours encadrant les 3 catégories de travaux éligibles (création ou amélioration d’une méthode, d’un algorithme ou d’un protocole, formalisation ou adaptation d’une méthodologie originale, application innovante de concepts scientifiques récents ou émergents), et y ajoute la mise en place d’expérimentations ou de prototypes.

Le Ministère semble accepter l’amélioration substantielle d’algorithmes ou d’architectures, et non plus seulement la création pure. Pour autant, il insiste sur l’impératif de justifier en détails, quelle que soit la catégorie, les verrous scientifiques et techniques, l’objectif scientifique poursuivi, la nouveauté technique ou méthodologique obtenue et les protocoles expérimentaux et de validation réalisés. Il conviendra de pouvoir documenter les améliorations apportées à l’aide de livrables, par exemple en fournissant des comptes-rendus d’échecs, ou en documentant les logs de tests.

5. Perspectives 2026

5.1. Les débats sur le PLF 2026 ont laissé entrevoir de nouvelles menaces, auxquelles il conviendra de rester attentif :

• velléités d’écrêtement du dispositif pour les grandes entreprises, via une proposition d’appréciation du seuil de 100 M€ (au-delà duquel le taux du CIR descend à 5%) au niveau du groupe fiscal, et non plus au niveau de chaque entité juridique ;
• clause anti-délocalisation, obligeant à un remboursement du CIR en cas de transfert d’activité à l’étranger sous 10 ans. On notera qu’une telle clause nous semble contraire au droit de l’Union européenne.
• 5.2. Les nouvelles exigences évoquées par le Ministère se retrouvent en pratique dans les contrôles.

Face à des demandes toujours plus exigeantes, et singulièrement dans les hypothèses où le MESR n’est pas impliqué, la sécurisation du CIR repose aujourd’hui, plus que jamais, sur la qualité des dossiers justificatifs techniques.

Les dossiers devront impérativement comprendre une description précise des difficultés rencontrées, et la contribution de chacun des personnels à l’acquisition de nouvelles connaissances.

Article paru dans Option finance 13 janvier 2026